En fallo dividido, la Undécima Sala del tribunal de alzada –integrada por los ministros Juan Manuel Muñoz Pardo, María Paula Merino Verdugo y María Luisa Riesco Larraín (votó en contra)– rebajó a 7 años de presidio efectivo las penas que deberán purgar Pedro Espinoza Bravo (subdirector de la DINA), Raúl Iturriaga Neumann (jefe del departamento exterior) y Miguel Krassnoff Martchenko (jefe de Villa Grimaldi), en calidad de autores del delito.
Además, el tribunal de alzada absolvió a 36 ex agentes condenados en primera instancia por el ministro en visita Hernán Crisosto Greisse. En la etapa de investigación, el ministro Crisosto logró establecer que Arroyo Padilla estuvo detenido en el cuartel de Villa Grimaldi sin contacto con el exterior, vendado y amarrado, siendo continuamente sometido a interrogatorios bajo tortura con el propósito de obtener información relativa a integrantes del MIR, para proceder a la detención de los miembros de esa organización.
La última vez que Arroyo Padilla fue visto con vida fue en un día no determinado del mes de diciembre de 1974, sin que hasta la fecha exista antecedente sobre su paradero.
El nombre de Rubén David Arroyo Padilla apareció en un listado de 119 personas, publicado en la prensa chilena y argentina, junto a otras 59 personas pertenecientes al MIR que habrían muerto a causa de rencillas internas. Sin embargo, se estableció que fue una maniobra de desinformación efectuada por agentes de la DINA en el exterior.
